בעוד תושבי שדרות מתחילים לחזור לבתיהם, תחנת הרכבת בעיר עדיין סגורה. השבתת תנועת הרכבות לשדרות וממנה פוגעת בכל תושבי הנגב המערבי, מאחר שגם תושבי נתיבות ואופקים נאלצים לנסוע למרכז דרך רכבת באר שבע. כך, נסיעה למרכז שארכה בעבר שעה דרך שדרות – נמשכת כעת יותר משעתיים.
בינתיים, פיקוד העורף לא מאשר את חידוש תנועת הרכבות לעיר, אף שאוטובוסים משדרות לאשקלון נוסעים על כבישים הסמוכים לגדר הרצועה.
במשרדי הממשלה נערכים דיונים בנוגע לחידוש הפעילות. בסוף ינואר הוחלט להקים ועדה בין-משרדית, שהייתה אמורה לקבל החלטות תוך שבועיים, אבל המחלוקת בין צה"ל למשרד התחבורה טרם נפתרה.
אחד הנושאים שנידונו בין שני הגופים הוא התקציב. בעבר, הסכנה הביטחונית הייתה ירי של טילי נ"ט לעבר חלק באורך של כ-250 מטר מהמסילה, שעובר בגשר סמוך לקיבוץ ארז. בחלק זה ניתן לראות את הרכבת בבירור מרצועת עזה.
לפי גורמים שנכחו בדיונים האחרונים, צה"ל דורש לבנות חומת מגן בעובי 2 מטרים ובגובה 8 מטרים, לאורך לא פחות מ-8 ק"מ, בהשקעה של 417 מיליון שקל. על עלות זו יש להוסיף התקנת מערכות טכנולוגיות להתראה ולהגנה על הנוסעים בעלות של 400 מיליון שקל. לפני כמה שנים פרויקט מיגון זה עלה 200 מיליון שקל, וכעת הוא אמור לעלות פי ארבעה, לנוכח החמרת דרישות הביטחון של צה"ל.
הקמת חומת המגן צפויה להימשך שנתיים לפחות. כלומר, ייתכן כי רק ב-2026 פעילות הרכבת בשדרות תחזור לסדרה.
המחלוקת בין משרד התחבורה לצה"ל אינה תקציבית בעיקרה, אלא מהותית. השאלה היא אם מיגון יקר ומסובך כל כך יהיה נחוץ אחרי המלחמה, שאמורה להסיר את האיום הביטחוני מרצועת עזה על תושבי הנגב המערבי וישראל כולה. מנכ"ל משרד התחבורה, משה בן-זקן, דרש מצה"ל לקבל את הדרישות שלהם בנייר עמדה כתוב, כדי להעביר את הנושא להכרעת מנכ"ל משרד ראש הממשלה, יוסי שלי.
אלון דוידי, ראש עיריית שדרות, מסר בתגובה: "עם חזרת חלק מתושבינו לעיר ופתיחת מסגרות החינוך, ראוי שתיפתח גם תחנת הרכבת בעיר, שמשמשת רבים מתושבינו ותושבי הסביבה. לצערי, בשל עיוולת מהעבר, שקבעה את מיקום המסילה מול עזה – ובהמשך לא דאגו למגן אותה, לא מאפשרים לרכבת לנסוע. אני דורש פתרון למציאות הזויה זו ושמשרדי הממשלה ימצאו את התקציב הנדרש למיגון המסילה".